За първи път след опустошаването му в края на XIV век, сведения за манастира под името „Св. Параскева" са от­крити в Станимашкото (Асеновградско) синурнаме от 1519 - 1538 година. Това показва, че обителта е била въз­становена наскоро след установяването на османската власт, изглежда още през XV век.
     Мулдавският манастир е бил опустошаван от турците още четири пъти. Той станал жертва на техния религиозен фана­тизъм по време на големите потурчвания на селата по Чепинското корито в 1666 година. Според летописецът поп Мето­дий Драгинов, турците накарали помюсюлманчените българи „за кашмер" да разсипят 218 черкви и 32 манастира между Асе­новград и Самоковските бани. От средновековния манастир днес са запазени части от субструкцията на жилищните кри­ла,върху които са издигнати и днешните. А в западния корпус е съхранена изцяло интересна куполна магерница от XVI - XVII век. Куполът й ляга чрез пандантиви върху четири слепи арки, забиващи се в скосените ъгли на помещението. Коминът, кой­то не бил възстановен при преизграждането на това крило през XIX век, е имал кръгло сечение и височина около 10 м.
      В надпис върху мраморна плоча, взидана до южната врата на съборната иърква, се съобщава, че след последното опожаря­ване, обителта е била преизградена „от основите по време­то на игумена йеромонах Паисий в лето 1716-то".
      Третото опустошаване на Мулдавския манастир е било през 1793 година по времето на кърджалийските набези.В същия каменен надпис е отбелязано, че след това печално събитие, съборната църква била преизградена „с много труд из основи по времето на игумена йеромонах Константин в лето 1800-то". Но само две десетилетия по-късно, в 1821 годи­на, по време на гръцкото въстание, манастирът бил отново изгорен. Новото, този път широкомашабно обновление, се осъществило десет години по-късно, между 1833 и 1836 годи­на, с помощта на цялото околно население, а и със средства­та от по-далечни места, което говори за религиозната слава на манастира.
       По това време били издигнати нова съборна църква и жилищ­ните корпуси, обграждащи двора от четирите му страни.
Новата съборна черква е била трикорабна с притвор и отк­рита аркадна нартика. Наосьт й е рухнал през 1946 година и преизграденият през 1951 година е доста по-тесен и по-нисък от първообраза, което нарушава взаимодействието между оригиналните съхранени части и новия обем.
Жилищните крила били завършени в 1836 година със спомоществувателството главно на папукчийския еснаф от град Чирпан, което е видно от хубав триредов български надпис, зографисан върху стената към килиите на чердака.
     Манастирът е бил застроен сключено около два двора - мона­шески и стопански. Западното крило на монашеския двор, с главната порта е било предназначено за гостоприемница. В не­го се намират оборите за ездитните и впрегатни животни на поклонниците, големи одаи и дори магерница и санитарни възли за тях. Другите две крила са монашески, сьвместяващи в от­лична планировка зоните със стопанските части. Помислено е за всичко, дори за сепарирането на малка болнична група.
     През Възраждането Мулдавският манастир е бил една от най-здравите опори на българщината в гърчеещия се Станимашки район. В него до първите години на XIX век все още се съхранявала изключително богата сбирка от стари български ръкописи. Но всички те са били унищожени впос­ледствие от монаси-фанариоти.
       През XIX век манастирът „Св. Петка Мулдавска" се явява ини­циатор на прояви в областта на църковното изкуство. Над­пис на западната стена над входа на църквата съобщава, че тя била изписана със стенна живопис през 1840 г. от трев­ненския художник Кръстю Захариев и синовете му Петър и Георги. Кръстю Захариев е едно изключение от средите на тревненските иконописци от XIX век, който създава стено­писи. Десетина години преди това, той заедно с друг тревненец - Досю Коев, изписва църквата в Раковишкия манастир.
       Няколко икони от царския peд на иконостаса носят подпи­сите на тревненски зографи: патронната икона „Св. Петка с жития" е рисувана от Кр.Захариев през 1837 г., а иконите „Неделя на всички светци" и „Св. Георги" са дело на друг тревненец - Петър Минев.
       Независимо, че църквата е постра­дала, при ремонтите оригиналните стенописи в част от наоса, в преддверието и откритата галерия са запазени. В гале­рията до входа, се намират фигурите на българските светци Кирил и Методий, а вътре на Климент Охридски, Наум Прес­лавски, Евтимий Търновски, Теодосий Търновски. Източната стена на преддверието се заема от пространната компози­ция „Страшният съд". На северната и южната стени са наме­рили място други назидателни теми - „Сътворението на све­та". „Апокалипсиса", „Деянията на апостолите". Всички те са решени в един по-твърд линеарен маниер, характерен за творчеството на тревненци, но с голяма фантазия. Осо­бен интерес представлява ктиторският портрет вляво от Входа на дарителя Петко х. Неделчев и синът му Неделчо от Чирпан. Те са представени в цял ръст с дълги народни носии. Художникът е положил доста усилия, за да се добли­жи до натурната интерпретация на своите модели и е пос­тигнал това със сравнително прости средства. От тези съхранени стенописни фрагменти лъха рутина, усет за монументалност и тържественост.
      Манастирът „Св. Петка Мулдавска", с архитектурните си и художествени дадености, прави значителен принос в обогатя­ването на българското изкуство през периода на Възраждането.